circRNA高通量测序实验

• 简要描述： 特异性富集环状RNA并检测其表达。

• 基本原理：

  • RNase R消化线性RNA → 富集circRNA → 反向剪接位点鉴定。

• 操作步骤：

  1. RNA处理：

  • RNase R（Epicentre）37℃消化45 min

  • rRNA去除（Ribo-Zero）

  2. 文库构建：

  • 随机引物反转录 → 链特异性建库

  3. 测序：PE150，数据量≥80M reads/样本

  4. 分析：

  • CIRI2/CIRCexplorer2识别circRNA

  • 亲本基因功能富集（KEGG）

• 应用范围：

  • circRNA作为疾病生物标志物

  • ceRNA调控网络构建

• 注意事项：

  • RNase R消化效率验证（GAPDH线性RNA应消失）

  • Sanger验证反向剪接点